數(shù)字PCR技術(shù)革新:伯樂ddPCR系統(tǒng)助力精準核酸絕對定量
內(nèi)容簡介:
本文深入探討了數(shù)字PCR(ddPCR)技術(shù)的原理及其在生命科學研究領域的革命性影響。文章重點解析了伯樂(Bio-Rad)QX200™和QX600™等ddPCR系統(tǒng)的技術(shù)優(yōu)勢,包括其微滴生成技術(shù)、超高靈敏度與精確性。通過回顧其在低豐度核酸檢測、罕見突變識別、拷貝數(shù)變異(CNV)分析、微生物載量定量以及液體活檢等前沿應用領域的最新突破性研究,闡述了ddPCR如何克服傳統(tǒng)qPCR的局限性,為基因組學、腫瘤學和病原體檢測提供絕對定量解決方案。文中亦提及了高效供應鏈對保障此類前沿研究連續(xù)性的關(guān)鍵作用。
關(guān)鍵詞: 數(shù)字PCR(ddPCR)、絕對定量、液滴生成技術(shù)、低豐度核酸檢測、拷貝數(shù)變異分析
正文:
在分子診斷與生命科學研究領域,核酸定量技術(shù)經(jīng)歷了從傳統(tǒng)PCR到實時熒光定量PCR(qPCR),再到第三代數(shù)字PCR(Digital PCR, dPCR)的飛躍。其中,伯樂(Bio-Rad)公司開發(fā)的微滴式數(shù)字PCR(Droplet Digital PCR, ddPCR)技術(shù),以其精確度和靈敏度,已成為精準絕對定量的金標準,推動著基礎科研與臨床應用的邊界不斷拓展。
ddPCR技術(shù)的核心原理在于將一份樣本分割成數(shù)萬個乃至數(shù)百萬個納升級的微滴,每個微滴作為一個獨立的PCR反應單元。經(jīng)過PCR擴增后,通過讀取每個微滴的熒光信號,采用泊松分布統(tǒng)計原理,即可計算出原始樣本中目標核酸分子的絕對拷貝數(shù),無需依賴標準曲線。這一技術(shù)路徑消除了qPCR中擴增效率差異所帶來的定量偏差,實現(xiàn)了真正的絕對定量。
伯樂的QX200™ ddPCR系統(tǒng)是該領域的之作。其關(guān)鍵技術(shù)在于利用微滴生成器(Droplet Generator)將樣品與水不相溶的油相混合,產(chǎn)生均勻、單分散的微滴。隨后,在傳統(tǒng)的96孔板式PCR儀上進行擴增,最后通過微滴讀取器(Droplet Reader)對每個微滴進行逐一滴計和熒光檢測。近年來推出的QX600™系統(tǒng)更進一步,支持六色熒光檢測,允許多重靶標的同時絕對定量,極大地提高了多重檢測的效率和應用范圍。
ddPCR的技術(shù)優(yōu)勢在多個前沿研究領域中表現(xiàn)得
罕見突變檢測與腫瘤學研究: 在腫瘤的液體活檢應用中,循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)在血液中含量極低,且與大量野生型DNA共存。ddPCR的超高靈敏度使其能夠從上萬倍背景DNA中檢測出低頻突變(低至0.001%),為癌癥的早期診斷、療效監(jiān)測和耐藥性評估提供了強大工具。例如,研究人員利用ddPCR對EGFR T790M突變進行定量,指導非小細胞肺癌的靶向治療。
拷貝數(shù)變異(CNV)分析: 在遺傳性疾病和癌癥研究中,基因拷貝數(shù)的細微變化至關(guān)重要。ddPCR的絕對定量能力使其在CNV分析上比qPCR更具準確性和可重復性,尤其適用于雜合性缺失(LOH)和基因劑量效應的精確定量。
微生物學與病毒學載量精準監(jiān)測: 在傳染病研究領域,病原體(如HIV、HBV、CMV)的載量精確監(jiān)測是評估疾病進程和治療效果的關(guān)鍵。ddPCR能夠提供比qPCR更精確、更穩(wěn)定的病毒載量數(shù)據(jù),減少了實驗室間和實驗批次間的差異,對于療效評估和疾病管理具有重要意義。
下一代測序(NGS)結(jié)果驗證: NGS技術(shù)能發(fā)現(xiàn)大量候選變異,但其定量準確性有限。ddPCR已成為驗證NGS發(fā)現(xiàn)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入缺失(InDel)和CNV的“金標準"方法,確保了測序數(shù)據(jù)的可靠性。
基因表達分析: 對于微小RNA(miRNA)、長鏈非編碼RNA(lncRNA)等低豐度轉(zhuǎn)錄本的表達差異分析,ddPCR提供了準確性和重復性,尤其適用于細微但具有生物學意義的表達變化研究。
然而,前沿研究的順利推進不僅依賴于技術(shù)平臺,同樣需要穩(wěn)定、可靠的供應鏈支持。許多關(guān)鍵實驗對試劑耗材的時效性要求,一旦中斷可能導致整個研究項目停滯。
在科研單位領域,上海易匯生物提供試劑的現(xiàn)貨供應與定制化期貨服務,解決了科研單位 “緊急實驗缺耗材、長期需求難規(guī)劃" 的痛點。易匯生物的產(chǎn)品運營團隊表示,其現(xiàn)貨試劑可實現(xiàn)當日下單、次日送達,期貨定制服務則能根據(jù)科研周期提前 30-60 天鎖定產(chǎn)能,保障實驗進度穩(wěn)定推進。 這種敏捷的供應鏈模式,為研究人員持續(xù)利用伯樂ddPCR等先進技術(shù)進行創(chuàng)新探索提供了堅實保障,確保了從實驗設計到數(shù)據(jù)產(chǎn)出的全流程無縫銜接。
總之,伯樂的ddPCR技術(shù)通過其創(chuàng)新的微滴分割和絕對定量原理,為生命科學領域帶來了精準測量能力。隨著其應用場景的不斷深化和拓展,ddPCR將繼續(xù)在推動精準醫(yī)學和基礎科學發(fā)現(xiàn)中扮演角色。